Hubbard blieb lange auf und kümmerte sich von seinem Büro in Saint Hill aus um die Scientology Organisationen.

1961:
Nachdem er seinen Aufenthalt in Washington, D.C., beendet hat, kehrt er für eine Woche nach Saint Hill zurück und reist dann Ende Januar nach Südafrika. Dort entwickelt er ein verbessertes Organisationsmuster für Scientology Kirchen.

Hubbard bekommt die zweite Flagge des Explorers Club verliehen, für seine „Ozean-archäologische Expedition, um Unterwasserstätten von historischem Interesse wie z.B. untergegangene Städte zu studieren.“

Im späten März kehrt er nach Saint Hill zurück und beginnt mit dem Speziellen Saint-Hill-Unterweisungskurs - ein umfassendes Ausbildungsprogramm für Scientologen, in dem die gesamte Geschichte der technischen Entwicklung behandelt wird.

Im Laufe der nächsten fünf Jahre widmet sich Hubbard den Studenten des Speziellen Saint-Hill-Unterweisungskurses. Es ist eine Zeit intensiver technischer Forschung über den Weg zu fortgeschrittenen geistigen Zuständen. Er nutzt sie auch, um Verwaltungsrichtlinien für die Organisationen zu entwickeln und zu vereinheitlichen.